Es begann mit den ersten Protestanten, die beruflich in den bayerischen Wald gekommen sind. Zöllner, Bahnarbeiter. Sie gründeten 1899 den "Verein der Protestanten". Jahrzehntelang war es ein kleiner, aber kontinuierlicher Kreis von Menschen, die sich regelmäßig zum Gottesdienst trafen und dafür den sogenannten "Betsaal" in der Bahnhofstraße kauften.
1925 beschloss eine Versammlung von 32 Personen, dass eine Kirchengemeinde Kötzting (damals noch als Tochterkirchengemeinde von Cham, aber schon als eigene Körperschaft des öffentlichen Rechts) gegründet werden soll.
Nachdem ab 1945 viele evangelische Flüchtlinge dazu gekommen waren, fand die erste Kirchenvorstandswahl statt. Außerdem keimte da schon der Gedanke, eine eigene Kirche zu bauen. Das wurde 1955 mit der Matthäuskirche auf der Platte in Kötzting verwirklicht.